Výskumná agentúra po zlúčení bývalého operačného programu Výskum a inovácie (OPVaI) do operačného programu Integrovaná infraštruktúra (OPII) pokračuje v implementácii dopytovo-orientovaných projektov najmä v oblasti výskumu (bývalé projekty OPVaI) pod SO MŠVVaŠ SR a riadiacim orgánom MDV SR.